Das Institut erforscht aktuelle Entwicklungen in den verschiedenen christlichen Konfessionen und fördert den Austausch zwischen akademischer Theologie und kirchlicher Praxis. Es bietet Fort- und Weiterbildungskurse sowie Seminare zu konfessionskundlichen und ökumenischen Themen für Pfarrer und Pfarrerinnen, Religionslehrer und -lehrerinnen, interessierte Gemeindeglieder und Studierende. Außerdem berät das KI Kirchenleitungen und kirchliche Entscheidungsträger, landeskirchliche Ökumenebeauftragte, ökumenische Gremien und den Ev. Bund. Es unterstützt diese in der kritischen Urteilsbildung und berät in Entscheidungsprozessen. Das KI trägt damit sowohl zur ökumenischen Verständigung als auch zur Konturierung des evangelischen Profils bei.
Das Institut unterhält vier wissenschaftliche Fachreferate für die Bereiche Catholica, Orthodoxie, Freikirchen, Anglikanismus und Weltökumene. Ein externer beratender Mitarbeiter unterstützt das Institut hinsichtlich der deutschen Pfingstbewegung. Mit Aufsätzen und Vorträgen, durch die Mitarbeit in wissenschaftlichen und kirchlichen Gremien und durch die Beteiligung an ökumenisch bedeutende Veranstaltungen tragen die Fachreferent:innen zur Pflege und Förderung der Ökumene bei.
Das Konfessionskundliche Institut wurde 1947 in Bensheim an der Bergstraße gegründet, wo es bis heute seinen Sitz hat. Das Institut ist eine Einrichtung des Evangelischen Bundes e.V., ein ökumenewissenschaftliches Arbeitswerk der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD). Neben diesen Institutionen unterstützen und fördern auch die Evangelischen Kirche in Hessen und Nassau, die Evangelische Landeskirche in Baden , die Evangelische Landeskirche in Württemberg und die Evangelische Kirche der Pfalz die Arbeit des Institutes. Die Richtlinienkompetenz liegt beim Kuratorium.